Com o início da Segunda Guerra, os Koutakuseis sofreram perseguições e foram obrigados a sair da Vila Amazônia, sendo expulsos de suas terras e aprisionados em espécies de campos de prisioneiros pelo Estado brasileiro. Muitos foram presos, alguns torturados e, passaram por privações e diversas humilhações.
Suas posses e toda a Vila Amazônia foram tomadas como espólios de guerra passando a pertencer ao governo. Em setembro de 1942, a Companhia Industrial Amazonense foi desapropriada pelo governo e, em abril de 1946, os bens que compunham o patrimônio daquela empresa passaram a ser leiloados e adquiridos por grandes latifundiários locais, como a Companhia J.G. Araújo S.A., de processamento de juta, beneficiamento de arroz, fabricação da farinha de mandioca, serraria, etc. A Vila Amazônia foi comprada pela mesma por 50 contos de réis.
Atualmente, o que restou da Vila dos Imigrantes Japoneses foi o cemitério, onde se encontram muitos koutakuseis enterrados e, nas comemorações do 80 anos de Imigração Japonesa no Amazonas (outubro de 2011) foi revitalizado o cemitério e inaugurado o Monumento a Juta em Memória dos Koutakuseis.
Estima-se que hoje, dos 243 imigrantes que vieram para a Amazônia, existam no mínimo 5.000 descendentes. Muitos desses Koutakuseis, após a guerra, voltam ao Japão, enquanto outros se mantêm na região influenciando a formação sociocultural do Amazonas e da região, de diversas formas: na arte dos bois de Parintins, no cultivo das leguminosas, nas indústrias de alta tecnologia da Zona Franca da Manaus, como profissionais liberais, empresários, dentre outras profissões sendo que alguns estão espalhados não somente no Estado, mas também na região norte e nas demais regiões do país.
No ano de 2001 foi fundada em Manaus, a Associação Amazon Koutakukai, criada pelos descendentes com o objetivo de resgatar e valorizar a história dos koutakuseis para as próximas gerações e para a sociedade em geral. A Associação tem se preocupado em congregar as famílias dos descendentes através de atividades socioculturais e na realização dos eventos em alusão às comemorações que celebram os fatos históricos dos koutakuseis. A imagem acima registra alguns de seus membros em uma das reuniões realizadas pela Associação Amazon Koutakukai.
Outro objetivo é dar continuidade à Associação Japonesa criada em Parintins, pelos Koutakuseis. Das quais são mostradas as imagens acima, da antiga sede da Associação Japonesa da Amazônia, em Parintins, na década de 1970, com representantes Koutakuseis.